- Feche o Messenger, (feche-o mesmo, botão direito em cima do ícone na barra de programas abertos e “Fechar programa”);
- Acesse a pasta “C:/Arquivos de Programas/Windows Live/Messenger/”;
- Clique com o botão direito em cima do ícone “msnmsgr.exe” (que é o executável do Messenger) e vá em propriedades;
- Clique na aba “Compatibilidade”;
- Marque a opção de “Usar esse programa em modo de compatibilidade”;
- Escolha a versão do windows desejada (eu particularmente só testei com o Vista e Vista SP2).

Pronto, agora basta abri-lo, e quando clicar no X para fechar, ele irá para o Tray.