Eu fiz um blog de bobeira: puppim.wordpress.com a uns anos atras de percebi que muita gente ainda acessa então vou postar novamente com o link corrigido.

É muito simples faça o download do script abaixo:
Script

Descompacte na pasta da sua pagina, use o codigo embaixo do para incluir o script:

<code><-script src=””flash.js””></-script></code>

Depois para incluir os arquivos flash sem a mensagem é só chamar o javascript da seguinte forma:
<code><-script type="text/javascript"><!--
flash(”100%”,”100%”,”arquivo.swf”,”transparent”)
// --></-script>
</code>

Com isso a mensagem não aparecerá

obs. Você pode usar % ou px na altura e largura, tire o traço do começa da tag script <-script